En el momento de abordar la elaboración de los materiales, había que tener en cuenta que los encuestadores del ALPI utilizaron muy conscientemente el alfabeto fonético de la Revista de Filología Española (ARFE), un alfabeto creado por Tomás Navarro Tomás, publicado en la revista en 1915, con larga tradición en el mundo hispánico. Este alfabeto refleja el interés fonético de su autor, y de su época, con un lujo de detalles que hoy puede parecer excesivo. Se planteaba un dilema científico entre conservar esta transcripción o intervenir en ella, volcándola al Alfabeto Fonético Internacional (AFI), para asegurar al atlas una difusión mayor y facilitar la recuperación de datos en un sistema de búsquedas complejo. Después de muchas dudas, encontramos una solución que respeta la transcripción fonética original -ya que siempre se podrá acceder a la imagen digitalizada de las respuestas manuscritas en los cuestionarios-, y asegura búsquedas ágiles a partir de su volcado al Alfabeto Fonético Internacional (AFI).
 
Es innegable que este proceso supone una simplificación de las transcripciones en ARFE, pero hay que considerar que ya los propios editores del tomo I del ALPI, de acuerdo con Navarro Tomás, decidieron proceder a una primera simplificación de sus complejas transcripciones. El Epistolario publicado por Vicent García Perales y Santi Cortés (2009) muestra que existió una “plantilla” elaborada con la ayuda del maestro, que no se ha conservado, de modo que había que tratar de reconstruirla para establecer una tabla de equivalencias válida con el Alfabeto Fonético Internacional. Se recurrió a especialistas en la fonética de los distintos dominios lingüísticos para implementar con todas las garantías las equivalencias fonéticas en la herramienta informática: Amália Andrade, para el portugués; Francisco Dubert, para el gallego; Ralph Penny, para las hablas asturleonesas; Daniel Recasens, para el catalán y Juana Gil, para el castellano. Los días 7 y 8 de mayo de 2009 el equipo del ALPI se reunió con ellos gracias a la Universidad Autónoma de Madrid, que subvencionó el encuentro científico. Allí se decidió la correspondencia entre los signos fonéticos del Alfabeto de la Revista de Filología Española de los originales y los signos del Alfabeto Fonético Internacional. Se partió de la base de que, como elaboradores y editores del ALPI, no entraríamos a valorar las transcripciones heredadas, ni intervendríamos en ellas más que para establecer las equivalencias con el AFI, evitando perder en el proceso lo imprescindible para la caracterización de las hablas estudiadas.
 
Publicamos aquí la tabla de equivalencias fonéticas, que hemos reelaborado con la ayuda de Francisco Dubert, Maria Pilar Perea, Xulio Sousa y Rosabel San Segundo. Conviene tener en cuenta que quienes consulten el ALPI tendrán, además, la posibilidad de ver literalmente la transcripción original de los datos, ya que el diseño de la herramienta informática incluye, entre otros aspectos técnicos, la imagen digitalizada de todas las respuestas en la transcripción ARFE de los encuestadores.