En el moment d’encetar l'elaboració dels materials, calia tenir en compte que els enquestadors de l'ALPI van utilitzar molt conscientment l'alfabet fonètic de la Revista de Filología Española (AFE), un alfabet creat per Tomás Navarro Tomás, publicat a la revista el 1915, amb llarga tradició al món hispànic. Aquest alfabet reflecteix l'interès fonètic del seu autor, i de la seva època, amb un conjunt de detalls que avui pot semblar excessiu. Es plantejava un dilema científic entre conservar aquesta transcripció o intervenir-hi , traspassant-la a l’Alfabet Fonètic Internacional (AFI), per assegurar una difusió més gran a l’atles i facilitar la recuperació de les dades en un sistema de recerques complex. Després de molts de dubtes, vam trobar una solució que respecta la transcripció fonètica original -ja que sempre es podrà accedir a la imatge digitalitzada de les respostes manuscrites en els qüestionaris- , i n’assegura cerques àgils a partir del seu bolcat a l'Alfabet Fonètic Internacional (AFI).
 
És innegable que aquest procés suposa una simplificació de les transcripcions en ARFE, però cal considerar que ja els mateixos editors del tom I de l'ALPI, d'acord amb Navarro Tomás, van fer una primera simplificació de les seves complexes transcripcions. L’Epistolario publicat per Vicent García Perales i Santi Cortés mostra que va existir una "plantilla" elaborada amb l'ajuda del mestre, que no s'ha conservat, de manera que s’ha tractat de reconstruir-la per establir una taula d'equivalències vàlida amb l'Alfabet Fonètic Internacional. Es va recórrer a especialistes en la fonètica dels diferents dominis lingüístics per implementar amb totes les garanties les equivalències fonètiques a l'eina informàtica: Amália Andrade, per al portuguès; Francisco Dubert, per al gallec; Ralph Penny, per a les parles astur-lleoneses; Daniel Recasens, per al català; i Juana Gil, per al castellà. Els dies 7 i 8 de maig de 2009 l' equip de l'ALPI es va reunir amb ells a la Universidad Autónoma de Madrid, gràcies a Inés Fernández Ordóñez. Allà es va decidir la correspondència entre els signes fonètics de l'alfabet de la Revista de Filología Española dels originals i els signes de l'Alfabet Fonètic Internacional. Es va partir de la base que, com a elaboradors i editors de l'ALPI, no es valorarien les transcripcions heretades ni s’hi intervindria més que per establir les equivalències amb l'AFI; d’aquesta manera s’evitava de perdre en el procés el que era imprescindible per a la caracterització dels parlars estudiats.
 
Publiquem aquí la taula d'equivalències fonètiques que hem reelaborat amb l'ajuda de Francisco Dubert, Maria Pilar Perea, Xulio Sousa i Rosabel San Segundo. Cal tenir en compte que qui consulti l'ALPI tindrà, a més, la possibilitat de veure literalment la transcripció original de les dades, ja que el disseny de l'eina informàtica inclou, entre altres aspectes tècnics, la imatge digitalitzada de totes les respostes en la transcripció ARFE dels enquestadors.