Tomás Navarro Tomás davant la     Residencia de Estudiantes (Madrid)
El 1929, després d'un llarg període de preparació i gràcies a una subvenció de la Junta de Relaciones Culturales, es van posar en marxa els treballs de l'ALPI. La majoria de les enquestes es van fer en poc temps, entre el 1931 i l'estiu de 1936, moment que la guerra civil les va interrompre i el seu director es va haver d’exiliar. A la fi dels anys quaranta, atès que la situació política espanyola es mantenia, Navarro Tomás va decidir enviar els qüestionaris de les enquestes fetes abans de la guerra a Madrid al Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), l'organisme que havia heretat les competències del Centro de Estudios Históricos. Els últims mesos de 1950, Lorenzo Rodríguez- Castellano i Manuel Sanchis Guarner, dos dels antics col·laboradors de l'ALPI, es van traslladar a Nova York per fer-se càrrec dels qüestionaris i per fixar amb Navarro Tomás les qüestions metodològiques fonamentals que calia seguir, ja que el CSIC s'havia compromès a posar-s’hi en contracte per tal que organitzessin les enquestes que encara estaven pendents i preparessin l'edició de l'atles.
Finalment, després de moltes vicissituds, el CSIC va editar el 1962 un primer tom de Fonética  amb 75 mapes, però la publicació es va interrompre i no es va tornar a reprendre. Abandonat el projecte, els qüestionaris de l'ALPI van quedar repartits entre els enquestadors responsables de les tres grans zones peninsulars -Lorenzo Rodríguez-Castellano, Aníbal Otero i Manuel Sanchis Guarner-, que s'havien encarregat fins aleshores d'elaborar els materials.